腹泻、腹痛和体重下降是小肠克罗恩病的3 个主要症状。小肠克罗恩病患者腹泻的粪便量较多，确诊前数月或数年内每日可有2 一6 次间歇性发作，但不伴排便紧迫感和解黏液便，此有别于溃疡性结肠炎。在严重累及末端回肠或因误诊为“右下腹炎性肿块”而行局部切除者，则可发生胆盐性腹泻或脂肪泻。

患者腹痛开始时常为不定性隐痛，随病变进展，疼痛可逐渐加重。腹痛部位和性质与病变位置有关。回肠极常累及，患者可发生右下腹痉孪性腹痛，常在餐后发生。此与肠腔狭窄引起部分间歇性梗阻有关，可伴腹胀、恶心和呕吐。

大多数克罗恩病患者均有不同程度的体重降低，其主要与小肠吸收不良或因害怕疼痛而进食减少有关。部分与腹泻或食欲不佳有关。广泛的炎症可导致小肠有效的消化和吸收表面积明显减少，发生吸收不良和脂肪泻。低蛋白血症、贫血（包括维生素B12 缺乏引起的巨幼细胞性贫血）、体重减轻，儿童生长阻滞及其他营养素缺乏均较常见。

发热和寒战常与克罗恩病病变的活动性一致。有时低热可为其症状。应用有效药物或外科治疗可使病变暂时缓解。此时患者有体能增强和舒适的感觉。但小肠克罗恩病是一个反反复作与缓解相交替的疾病，目前尚缺乏治好的方法，且30 ％轻至中度病变患者，即使用安慰剂治疗亦能获得缓解。而且如果不进行正规治疗则有30 ％患者在1 年内反复，2 年时反复者可增至50 ％。另有少数患者可以上消化道出血为症状，是原因不明消化道出血的重要病因。

低钙血症、低维生素D 血症及使用类固醇制剂可引起骨质软化及骨折并发症。此外，也可出现类似于回盲肠处病变产生的所有症状。