克罗恩病早期私膜改变和无肠管狭窄的小肠克罗恩病的CT 表现无特征性。CT 的优势在于能显示克罗恩病的炎症透壁程度，有关肠系膜的炎症性改变，脓肿和瘘管的形成以及肠外并发症等。

克罗恩病在cT上极常见的表现是节段性、非连续性肠壁增厚。正常小肠和结肠壁的厚度在CT上显示不超过2—3ram，而在克罗恩病时其平均厚度可达11～13ram．肠壁增厚常见于终末回肠，厚度可达20mm。在克罗恩病活动期，由于水肿、炎症等可造成受累肠壁可逆性增厚．肠壁分层及肠壁明显不均一增强而形成“靶征”或“双晕征”现象。在克罗恩病慢性期或静息期，由于全肠壁纤维化及瘢痕形成，则使受累肠壁发生不可逆增厚、肠壁分层消失及肠壁轻度均一增强或不增强。回肠肠系膜纤维脂肪增厚也是小肠克罗恩病的特征性表现，在cT上可见到伴有右下腹肠曲继发性分离的脂肪增厚，且肠管和肠系膜表面变得模糊。

CT也能显示肠系膜血管增生情况，主要表现为血管扩张、扭曲、明显充血及血管间隙增宽，被称为“回肠血管空肠化”或“梳样征”，这种血管增生与活动性炎症有关。在约50％的克罗恩病患者中，CT还能发现肠系膜淋巴结肿大。

克罗恩病易并发窦道及瘘管，钡剂检查在检测肠间瘘管优于CT，但CT在检测肠膀胱瘘及肠皮肤瘘，其有效性更高。脓肿常作为克罗恩病并发症而累及小肠．CT不仅可检测到脓肿，也可引导经皮穿刺进行脓肿引流。