小肠壁由外向内可分成浆膜层、（外）肌层、钻膜下层和黏膜层。

( l ）黏膜层小肠秘膜，特别是空肠，具有许多环状皱裘和绒毛，大大扩大了黏膜的表面积，有利于营养物质的消化和吸收。绒毛表面为单层柱状上皮，有吸收营养物质的功能，上皮细胞间有杯状细胞分布，可分泌私液，小肠绒毛内有中央乳糜管（毛细淋巴管）和丰富的毛细血管，中央乳糜管有吸收脂肪酸的功能，毛细血管具有吸收葡萄糖、氨基酸和部分脂肪酸的功能。在相邻绒毛之间的固有膜内有小肠腺，开口于绒毛根部，具有分泌小肠液的功能。小肠液中含有多种分解酶，有助于小肠对营养物质的消化吸收。

( 2 ）黏膜下层为疏松结缔组织，含较多血管和淋巴管，黏膜下层中有表层上皮下陷形成的肠腺，开口于韶膜表面，分泌肠液。胰液和肠液中含有多种消化酶，借以分解蛋白质、脂肪和糖类。胆汁有助于脂肪的消化和吸收。蛋白质、糖类和脂肪必须分解为结构简单的物质，方能通过肠绒毛的柱状上皮细胞进入血液和淋巴，也可通过上皮细胞间隙进入毛细血管和毛细淋巴管。

( 3 ）肌层小肠的肌层由内环、外纵两层平滑肌组成，在回肠末端突入大肠处环形肌增厚，外覆黏膜形成两个半月形的皱囊叫回盲瓣，具有括约肌的作用。

( 4 ）浆膜层外膜由结缔组织构成，除十二指肠后壁为纤维膜外，空回肠表面覆以腹膜脏层，叫做浆膜。