有研究发现人体对麻疹病毒抗原存在耐受，麻疹病毒在体内能持续感染，当其他麻疹病毒或病原微生物再感染时，机体对该病毒的耐受被打破并诱发持续的炎症；一些麻疹病毒如副私液病毒持续感染肠系膜血管内皮细胞，引起肉芽肿性血管炎，造成肠系膜血管灶状缺血，可能会诱发克罗恩病的病理改变。研究人员在克罗恩病患者的肠组织尤其是肉芽肿组织中发现了麻疹病毒样的病毒颗粒。流行病学调查发现，怀孕期间曾患麻疹的母亲所生的儿童、在麻疹流行时出生的儿童、9 岁前感染过麻疹病毒者以及接受过麻疹疫苗免疫的儿童，稚患克罗恩病的风险均增加。但也有研究显示，麻疹病毒流行感染与克罗恩病发病率没有任何关系。麻疹病毒是否是克罗恩病的病原体目前仍有争议，所以目前不推荐使用麻疹疫苗来预防克罗恩病发病。

意大利cottone 等人研究认为巨细胞病毒感染与炎症性肠病反复可能存在一定的联系。巨细胞病毒感染可导致炎症性肠病反复，并且病情进展很快，及时行抗病毒治疗能很好地缓解炎症性肠病病情。巨细胞病毒感染可加重炎症性肠病病情，在免疚低下的患者中尤为明显。巨细胞病毒感染常见于需要大剂量、长时间糖皮质激素治疗的炎症性肠病患者，较少见于初用糖皮质激素的患者中。在36 ％糖皮质激素抵抗的炎症性肠病患者的活检组织中发现有巨细胞病毒感染的证据。因此，在对糖皮质激素抵抗的炎症性肠病患者出现发热、淋巴细胞减少、肌肉疼痛和肝脏转氨酶升高时，应进行巨细胞病毒血清学检查以诊断巨细胞病毒感染。