免疫因素是炎症性肠病研究中极活跃的部分，研究发现炎症性肠病患者肠固有膜有大量淋巴、巨噬等炎性细胞浸润并伴有局部体液或细胞免疫激活，且炎症性肠病患者可并发其他免疫相关疾病并对激素和免疫抑制剂治疗有效，均提示异常免疫反应参与了炎症性肠病发病。机体免疫系统中的免疫细胞通过直接杀伤或分泌免疫活性分子完成防御功能，保持内环境稳定。然而，在某种原因作用下，机体免疫系统的异常活跃或过激反应可造成组织的损伤和疾病的发生。

溃疡性结肠炎患者的个人或家族史中常合并有结节性红斑、关节炎、眼葡萄膜炎与血管炎等病变，因此提示溃疡性结肠炎的发病机制中可能有免疫因素的参与。此外，皮质类固醇治疗溃疡性结肠炎的满意效果，表明了激素在治疗中发挥了其免疫抑制与抗炎症的作用。溃疡性结肠炎的肠外表现，如皮疹、关节炎与血管炎等均支持溃疡性结肠炎的发病中有免疫复合物沉积反应存在。重症溃疡性结肠炎患者或病程超过5 年者，其血清中抗结肠抗体检出更为明显。这一研究结果支持，溃疡性结肠炎很可能是一种与自身免疫反应有关的疾病，可能是抗结肠杭体与结肠上皮细胞杭原在补体参与下形成免疫复合物所致。

目前已十分明确克罗恩病具有免疫异常，是一种至少累及肠私膜免疫系统的疾病。克罗恩病患者的体液免疫和细胞免疫均有异常。半数以上血中可检测到结肠杭体、循环免疫复合体以及补体CZ 、C 。的增高。组织培养时，患者的淋巴细胞具有毒性，能杀伤正常结肠上皮细胞；白细胞移动抑制试验亦呈异常反应，说明有细胞介导的迟发超敏现象。近年来，还发现某些细胞因子与炎症性肠病发病有关。这些都说明克罗恩病的发病可能与免疚异常有一定关系。