哺乳动物的胃肠道的微生态极为复杂，胃肠道不同部位间、人类与啮齿类动物间菌群构成和数量都有明显的差别。人类胃及十二指肠内菌量约0~10²/ ml ，主要是乳酸杆菌、念珠菌、链球菌、幽门螺杆菌；远端回肠菌，主要是梭状芽袍杆菌、类杆菌及大肠杆菌类；而结肠中菌量，主要是类杆菌、双歧杆菌、球形梭状芽袍杆菌及梭形杆菌。

一些学者认为，炎症性肠病的发病涉及遗传、肠菌群失调和免疫异常等因素，发病的触发点是肠道内致病菌与正常菌群比例失调所致。炎症性肠病患者的肠道菌群存在失调，活动性克罗恩病患者肠道厌氧菌，尤其是拟杆菌明显增多，溃疡性结肠炎患者肠道菌群中需氧菌增多。肠道菌群失调，细菌及产物等抗原可能诱导肠黏膜免疫功能失衡，使肠黏膜免疫系统对肠腔内杭原失去耐受，引发了肠道炎症。

肠腔内细菌构成是由遗传决定的，其改变往往早于临床症状的出现。炎症性肠病患者可能存在肠道有益菌与有害菌失平衡的情况。在克罗恩病手术后患者及其无症状亲属中某些有害菌种，如真菌类、消化链球菌属及粪球菌属、类杆菌属、黏膜相关大肠杆菌及肠球菌等是增多的，而有益菌群，如双歧杆菌浓度则降低。现认为病变的早期反复与大肠杆菌、类杆菌种属及梭形杆菌种属浓度增加有关。

炎症性肠病患者中黏膜相关的需氧菌及厌氧菌均显著增加。在克罗恩病中，尤其是有肠道狭窄及回盲瓣缺失者，常见小肠细菌过度生长，但这些改变不具特异性。炎症性肠病患者中肠道共栖菌发生了代谢功能和毒力特性的改变，可显著影响黏膜上皮细胞及屏障功能，诱发炎症。肠道菌群失调时，条件致病菌数量增多，并产生一些能诱导肠道炎症的物质，这些物质能激活肠黏膜免疫系统，普通类杆菌和肠球菌分泌黏液降解酶，肠球菌还可产生透明质酸酶，这些具致病性的菌株或破坏黏膜屏障功能，或激活异常免疫应答导致组织损伤。某些有害的细菌代谢产物可影响肠上皮细胞的完整性并可诱导黏膜免疫应答物，可能与肠道炎症有关。黏膜损伤后释放入肠腔的可溶性炎性介质亦可影响肠道共栖菌的功能。细胞因子和其他炎性介质对细菌热休克蛋白、硫化氢和细胞毒素的产生、上皮黏附和其他可加重黏膜损伤或损伤持续的机制均有重要的调节作用。综上所述，肠道正常菌群构成及功能的改变可显著影响黏膜免疫调节功能、上皮细胞代谢及黏膜屏障功能。已陆续有报道通过清除肠腔有害细菌及重建正常菌丛，可改变炎症性肠病的自然病程。