大脑皮质活动障碍可通过自主神经系统而产生肠道运动亢进、肠血管平滑肌痉孪收缩、组织缺血、毛细血管通透性增加，从而形成结肠私膜的炎症、糜烂和溃疡。对于心理与情绪因素在溃疡性结肠炎的发病与进一步发展中的作用，目前还有争议。美国著名炎症性肠病学家Kirsner 认为，心理因素不一定时溃疡性结肠炎或克罗恩病的起病有重要的作用，但心理因素在炎症性肠病的发展过程中，及其病变严重性以及对治疗措施的反应中具有重要影响。在溃疡性结肠炎已经发病后，往往难以辫别出心理因素在发病前后的作用。但患者一旦发生了任何的严重腹泻、直肠出血和各种体质性症状为主要特征的疾病，尤其是发生于一个以往身体健康的年轻患者时，疾病本身即可构成一种强烈的应激因素，使患者的自信心受到明显损害，往往可导致产生抑制性行为。因结肠炎而入院的儿童患者往往出现强迫性行为，成人在病变活动期则表现出一些依赖性要求的增加。显然，上述心理社会因素改变了机体的生理免疫或内分泌平衡，从而加重了患者对疾病的不耐受性。有学者描述了29 例患者，其中7 例无症状但在内镜下可见直肠炎症，患者感觉到的压力大于其他无直肠炎的患者。后来对静止期溃疡性结肠炎患者进行随访观察，发现PSQ （可感知的压力调查表）问卷调查中评分越高的患者，疾病恶化的危险比评分低的患者显著增加，可能与睡眠差、缓解期短、炎症持续存在及药物应用等导致疾病恶化有关。然而，没有充分证据显示焦虑或抑郁与疾病发生之间是否存在时间相关性。