近年来也提出饮食结构与炎症性肠病的关系。不良食物、化学添加剂或不当的食物加工等，很可能是炎症性肠病的危险因素。有研究表明，在各种食物中，大量糖果的食用与溃疡性结肠炎发生的危险度相关。而糖、甜味剂、糖果、脂肪、油类、鱼类和贝类的使用则与克罗恩病发生的危险度相关。快餐食品制作常重复使用食物油，在这个过程中可能产生一些具有潜在危险的产物。在亚洲人业已证实，重复使用脂肪和食用油能增加稚患炎症性肠病的危险性。甚至有人提出，牙膏的吞入导致炎症性肠病（特别是克罗恩病）发生的假设，牙膏中作为摩擦剂成分的磷酸钙、石英能穿透肠道上皮细胞，形成类似于克罗恩病的病灶。

临床流行病学研究结果提示，虽然尚未明确溃疡性结肠炎是由何种食物引起，也无证据显示本病与食物过敏有关，但已有许多研究表明饮食中的某些成分与溃疡性结肠炎发病和反复有一定关系，例如牛奶制品摄入过多而纤维摄入减少可能与本病的反复有关。

硫化物对结肠细胞的毒性作用，可能是结肠炎形成，的一个重要机制。随生活水平的提高饮食中蛋白质比例增加，故摄入的含硫氨基酸（包括蛋氨酸、半耽氨酸、眺氨酸以及牛磺酸）明显增多，通过肠道细菌对含硫氨基酸的降解和发酵，产生多种含硫化合物，如硫化氢等积聚在肠道。这些物质会对结肠细胞产生一定的直接毒性作用，也可能间接地改变其蛋白功能和杭原性。研究表明，食物中肉类（含丰富的蛋白），尤其是红肉和加工后肉类的摄入，增加了溃疡性结肠炎反复的风险。另外，由于非有机硫酸盐（包括二氧化硫、硫化氮、亚硫酸盐）在贮存食物以及饮料中作为防腐剂广泛的应用，如白葡萄酒，汉堡包，浓缩饮料，香肠，啤酒和红酒等，因此，这些食物和饮料也增加了溃疡性结肠炎发生的危险性。摄入过多脂肪或不饱和脂肪酸会损伤结肠私膜。由于高胆固醇血症形成的高凝状态可使血管痉孪，血管紧张度增加，影响私膜血液供应，因而造成结肠私膜损伤。Geerling 等发现摄入过多的单不饱和脂肪酸、多不饱和脂肪酸可能会增加溃疡性结肠炎的发病几率。因此，脂肪摄入与溃疡性结肠炎发病有一定的关系。

研究发现，与正常饮食组相比常吃含糖量高的食物的人患溃疡性结肠炎的风险也增高，而经常进食蔬菜和水果的人似乎患溃疡性结肠炎的风险会减少。在一项流行病学调查中发现，经常摄入含糖量高食物如可乐饮料和巧克力者与溃疡性结肠炎发病呈正相关，而经常吃柑橘类水果者与溃疡性结肠炎发病呈负相关，但是，高糖饮食导致溃疡性结肠炎的发病机制还不清楚。