应用甲硝唑治疗炎症性肠病的作用机制是该药对抗厌氧菌，因为厌氧茵有破坏肠黏膜作用。此外，有人还认为甲硝唑具有人体免疫调节功能。近年来甲硝唑广泛应用于治疗克罗恩病肛周和结肠病变，取得了一定的效果。有报道5例克罗恩病患者，用甲硝唑200mg或400rag，每日3次，治疗4～6个月，2~4周后，4例病情改善，停用糖皮质激素。3例患者治疗4～6个月后停用甲硝唑，2例维持缓解。另一报道，甲硝唑400mg，每日2次，对克罗恩病的回结肠炎和结肠炎患者，同柳氮磺胺吡啶一样有效。极近提倡甲硝唑治疗克罗恩病，合适的剂量是每千克体重每天10～20mg。克罗恩病往往伴有难治性肛周疾病，临床上处理颇为困难。有报道甲硝唑每天每千克体重10～20mg，维持治疗12个月，80％譬上的直肠阴道瘘关闭，多发性脓肿消失以及直肠切开术伤口愈合良好。但当甲硝唑减量或停药后，肛周病变的反复率可能是较高的。目前已将甲硝唑作为克罗恩病毒他方法的补充，或是对克罗恩病缓解的维持方法。甲翟唑对溃疡性结肠炎治疗总见效率为85％。国内多组报警甲硝唑治疗渍疡性结肠炎，无论口服或灌肠，均能收到美好的效果。但也有认为抗生素用于渍结，仅作为术前或严重及中毒性结肠炎的治疗。抗生素对轻度渍疡的诱导缓解或预防反复治疗均无效果。近有研究，环丙沙星对传统治疗，如糖皮质激素和氨基水杨酸制剂治效果果较差的溃结患者，以环丙沙星500mg，每日2次服，恐有诱导和维持缓解的治疗作用。也有研究表明环丙沙星嘉甲硝唑联用，可以诱导轻、中度活动性克罗恩病的缓解。目前仍以甲硝唑治疗炎症性肠病较多。