克罗恩病的病变可发生在全消化道，从口腔开始一直到直肠肛门，大多在全消化道的多个部位同时发病。病变一般以远端回肠和邻近的右半结肠为常见，相关的治疗在前面均已叙述，包括直肠、肛周病变的治疗。在这里再提一下少见部位的特殊治疗。但也应与前面提到的治疗方法相结合。口腔克罗恩病病变：有效治疗应与口腔科专家联合起来，可局部应用糖皮质激素，如在损伤区域内注射氢化可的松。肠内营养和英夫利昔单抗亦有治效果果；食管克罗恩病病变：我们发现多例克罗恩病在食管中段有溃疡，往往与胃肠道其他部位病变同时存在，患者常因食管处有吞咽疼痛而作胃镜检查发现。按活动性克罗恩病治疗，主要是糖皮质激素口服，能得到临床症状好转，复查内镜溃疡愈合；胃十二指肠克罗恩病病变：应用质子泵抑制剂可取得胃十二指肠克罗恩病部分或全部缓解的效果，，有多篇临床报道指出，奥美拉唑每日20～40mg，可有效地缓解克罗恩病上消化道症状，且均在先使用传统的抗溃疡药治疗无效后，奥美拉唑发挥明显效果。在克罗恩病时，对十二指肠球部溃疡的形成，活检诊断很难明确是消化性，或克罗恩病所致(克罗恩病侵犯胃十二指肠约有5％，但也可合并消化性溃疡)。奥关拉唑可明显促使溃疡愈合作用，同时发现奥美拉唑对溃结也有效。因此推测奥美拉唑可能具有超越质子泵的抗分泌作用，因为奥美拉唑与甲硝唑的化学结构相似。值得注意的是胃十二指肠克罗恩病容易并发瘘管形成，外科手术也较难处理。