引人注目的是肠腔内环境改变，尤其是菌群改变可能通过抗原刺激上皮细胞、肠壁通透性及对黏膜免疫系统的影响对肠道炎症产生重要作用。

许多细菌涉及到克罗恩病的发病，包括结核杆菌、分枝杆菌（副结核分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌）、嗜麦芽假单胞菌、李斯特单核细胞菌等。

副结核分枝杆菌：由于克罗恩病与动物johne 病极其相似，促使人们积极寻找克罗恩病患者中副结核杆菌以及其他分支杆菌感染的证据。但由于该菌在环境中分布较广，在产奶动物中及奶制品或社区供水中都可能存在，故目前尚不清楚在克罗恩病中发现的副结核分枝杆菌，究竟是原发的还是继发的感染因素。

假单胞菌种属：自手术前使用抗生素行肠道准备的克罗恩病组织可分离出呈球状的多嗜性假单胞菌属，并可在43 ％克罗恩病患者中发现与克罗恩病相关的荧光假单胞菌的转录调节基因序列。克罗恩病患者对该菌的血清学反应亦是增高的，但特异性不高，故推刚这种微生物应该是继发感染者。且目前未能自克罗恩病组织中监测到假单胞菌种属。故目前假单胞菌种属作为炎症性肠病病因的证据尚不充分。

黏附性尹侵袭性大肠杆菌：在溃疡性结肠炎和克罗恩病术后组织中可分离出肠道致病性大肠杆菌（epec ) , 这些大肠杆菌对肠黏膜有黏附性及（或）侵袭性。还有报道在炎症性肠病患者中，大肠杆菌可钻附于上皮、侵入溃疡和痊管，并存在于固有层的巨噬细胞中。

单核细胞增多性李斯特菌属：李斯特菌是一种常见的环境致病原，常见于奶酪和其他食物中。由于该菌在环境中污染机会较大，目前认为这种常见的环境致病原可能是继发入侵者。