免疫抑制剂的不良反应较多，不良反应的发生率与每种免疫抑制剂的用量相关，剂量越高，不良反应的发生率越高。现把临床常用的几种品种分述如下：

（1）嘌呤类药物 不耐受的主要症状有感冒样症状，如肌肉疼痛、头痛、腹泻等，发生率可高达20％，常发生于服药2。3周后，停药后很快消失。白细胞减少症会突然出现，尽管较为少见，发生率约为3％。肝脏毒性和胰腺毒性亦不常见，发生率<5％。尽管硫唑嘌呤是炎症性肠病维持缓解的极好药物，但约有28％的患者会出现不良反应。幸运的是这个药物如果可以耐受3周以上，就可以继续用下去。如果溃疡性结肠炎或克罗恩病的病情较顽固，怀孕后不能停服，可以继续服用。一项研究表明，嘌呤类药物治疗组与正常对照组相比，该类药治疗不会造成流产、致胎儿畸形或感染。有研究观察认为硫唑嘌呤治疗不会增加淋巴瘤或其他肿瘤的危险性。

（2）甲氨蝶呤早期毒性作用是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻和口炎，可以同时应用叶酸5mg，每日2～3次(与甲氨蝶呤分开服)。因为不良反应，约10％～18％的患者不能继续治疗。主要是肝毒性和肺炎。如果血丙氨酸氨基转移酶升高2倍，应停用甲氨蝶呤治疗，等肝功能恢复后重新服用。肺炎的发生率大约每100例患者，每年发生1 次有2 一3 例。

（3）环袍素较轻的不良反应发生率为31 % - 51 % ，包括震颤、感觉异常、不适、头痛、肝功能异常、齿银增生和多毛症。较重的不良反应发生率为0 ％、17 % ，包括肾功能损害、感染和神经毒性。在低胆固醇血症（< 3.0mmol / L ）或低镁血症（<0.5mmoFL ）患者，癫痈发作的风险增加，在这些情况下可以口服药物治疗。对卡氏肺抱子虫肺炎也应注意预防。其他感染机会（曲霉菌感染）较为常见。我院曾见2 例应用甲氨蝶吟发生严重骨髓抑制，出现全血象减少，病情十分危险，均抢救成功。该2 例均为应用药物不当，每周服药1 次，误为每日服用数天后发病。