克罗恩病的诊断标准中，国际较通用的是世界卫生组织制定的标准(WHO标准)，国内大多采用2007年全国炎症性肠病学术研讨会标准(济南标准)。

WHO标准：①非连续性或区域性肠道病变；②肠黏膜成铺路石表现，或有纵行溃疡；③全层炎症性肠道病变，伴有肿块或狭窄；④结节病样非干酪性肉芽肿；⑤裂沟或瘘管；⑥肛门病变；有难治性溃疡、肛瘘或肛裂。凡具备上述① ② ③ 者为疑诊；再加上④ ⑤ ⑥ 之一者可确诊；如具有④ ，再加上① ② ③ 中两项者，也可确诊。确诊患者需先排除其他有关疾病。

2007 年全国炎症性肠病学术研讨会标准（济南标准）制定的诊断标准如下：

( l ）临床表现慢性起病、反反复作的右下腹或脐周腹痛、腹泻，可伴腹部肿块、梗阻、肠痊、肛门病变和反复口腔贵疡，以及发热、贫血、体重下降、发育迟缓等全身症状。阳性家族史有助于诊断。

( 2 ）影像学检查胃肠钡剂造影，必要时结合钡剂灌肠。可见多发性、跳跃性病变，呈节段性炎症伴僵硬、狭窄、裂隙状贵疡、痪管、假息肉和鹅卵石样改变等。腹部超声、ct 、mri 可显示肠壁增厚、腹腔或盆腔脓肿、包块等。

( 3 ）肠镜检查结肠镜应达末段回肠。可见节段性、非对称性的黏膜炎症、纵行或阿弗他溃疡、鹅卵石样改变，可有肠腔狭窄和肠壁僵硬等。胶囊内镜对发现小肠病变，特别是早期损害意义重大。双气囊小肠镜更可取活检助诊。如有上消化道症状，应行胃镜检查。超声内镜有助于确定病变的范围和深度，发现腹腔内肿块或脓肿。

( 4 ）黏膜组织学检查内镜活检极好包括炎症和非炎症区域，以确定炎症是否节段性分布，每个有病变的部位至少取2 块组织，注意病变的局限或片状分布。病变部位较典型的改变有：① 非干酪性肉芽肿；② 阿弗他溃疡；③ 裂隙状溃疡；④ 固有膜慢性炎性细胞浸润、腺窝底部和黏膜下层淋巴细胞聚集；⑤ 黏膜下层增宽；⑥ 淋巴管扩张；⑦ 神经节炎；⑧ 隐窝结构大多正常，杯状细胞不减少等。

( 5 ）手术切除标本病理检查可见肠管局限性病变、节段性损害、鹅卵石样外观、肠腔狭窄、肠壁僵硬等特征。除上述病变外，病变肠段镜下更可见穿壁性炎症、肠壁水肿、纤维化以及肠系膜脂肪包绕等改变，局部淋巴结亦可有肉芽肿形成。

在排除肠结核、阿米巴痢疾、耶尔森菌感染等慢性肠道感染、肠道淋巴瘤、憩室炎、缺血性肠炎、白塞病以及溃疡性结肠炎等基础上，可按下列标准诊断：①具备上述临床表现者可临床疑诊，安排进一步检查。②同时具备上述条件(1)和(2)或(3)特征者，临床可拟诊为本病。③如再加上(4)或(5)项病理检查，发现非干酪性肉芽肿和其他1项典型表现或无肉芽肿而具备上述3项典型组织学改变者，可以确诊。强调临床拟诊，病理确诊。④在排除上述疾病之后，亦可按世界卫生组织(wHO)结合临床表现、x线、内镜和病理检查结果推荐的6个诊断要点进行诊断。不过由于这些条件在临床上难以满足，使该诊断标准应用受限。⑤初发病例、临床表现和影像或内镜检查以及活检难以确诊时。应随访观察3～6个月。如与肠结核混淆不清者应按肠结核作诊断性治疗4～8周，以观后效。