起病大多隐匿、缓渐，初起症状常不易引起患者注意，从发病至确诊往往需数月至数年。临床上以腹痛、腹泻、腹块、疾管形成和肠梗阻为特点，可伴有发热、营养障碍等全身表现以及关节、皮肤、眼、口腔私膜、肝等肠外损害。早期有长短不等的活动期和缓解期，随后呈进行性发展。少数急性起病，可表现为急腹症，酷似急性阑尾炎或急性肠梗阻。

腹痛：腹痛为极常见症状，腹痛部位常与本病病变部位一致，炎症极常累及回肠末端，因此腹痛多位于右下腹或脐周，间歇性发作，性质常为隐痛、痉孪性阵痛伴腹鸣。常于进餐后加重，排便或肛门排气后缓解。腹痛的发生可能与肠内容物通过炎症、狭窄肠段，引起局部肠痉孪有关。腹痛亦可由部分或完全性肠梗阻引起，此时伴有肠梗阻症状。出现持续性腹痛和明显压痛，提示炎症波及腹膜或腹腔内脓肿形成。全腹剧痛和腹肌紧张，可能系病变肠段急性穿孔所致。少数症状需急腹症手术，发现为阑尾克罗恩病或克罗恩病肠梗阻。腹泻：腹泻为本病常见症状之一，主要由病变肠段炎症渗出、蠕动增加及继发性吸收不良引起。腹泻先是间歇发作，病程后期可转为持续性。亦可有大便习惯改变，如便秘、腹泻与便秘交替。粪便多为糊状，一般无肉眼脓血。病变仅侵犯小肠时一般无便血。病变涉及下段结肠或肛门直肠者，可有钻液脓血便及里急后重。如小肠（特别是末端回肠）有广泛病变，可有脂肪泻，粪便量多、奇臭、油腻。

腹部包块：病程进入亚急性期时，出现肠壁肥厚、肠腔狭窄、肠粘连及不完全性肠梗阻，腹部常能触及质地柔软、膨胀的肠祥包块。若病变发展至慢性期，出现肠管僵直或形成假瘤征，则可于腹部触到质地较硬的管形肿块。肠系膜淋巴结肿大、内痊形成或局部脓肿形成时，亦可出现腹部包块，其边缘一般不清楚，质地中等，压痛明显，粘连多固定，多位于右下腹部。痊管：克罗恩病透壁性炎性病变穿透肠壁至浆膜层，与肠外组织和器官相通，即形成痪管。揍管形成是克罗恩病的临床特征之一，往往作为与溃疡性结肠炎鉴别的依据。疾分为内揍和外疾，前者可通向其他肠段、肠系膜、膀脱、输尿管、阴道、腹膜后等处，后者通向腹壁或肛周皮肤。揍管形成后部分患者可无症状，仅于X 线钡剂检查或腹部手术探查时偶然发现。肠段之间内痊形成可致腹泻加重及营养不良、全身情况恶化。肠疾通向的组织与器官因粪便污染可致继发性感染，如肠道一膀脱痪可导致反反复作的膀脱感染；亦可引起腹腔内脓肿，出现腹痛加剧、体温升高及腹部触痛性包块。通向膀脱、阴道的内疾均可见粪便与气体排出。由于本病的发展是慢性穿透性过程，在疾管形成时病变肠段的浆膜常与周围组织发生粘连，从而减少了游离穿孔的可能性。

肛门直肠周围病变：肛门直肠周围病变包括肛门直肠周围痪管、脓肿形成及肛裂等，约占克罗恩病患者的1 / 3 ，有结肠受累者较多见。这些病变可为初发或为极突出的表现，有时被误认为是单纯肛痪或肛门直肠周围脓肿而行手术治疗，效果差。

其他可有食欲减退、畏食油腻、腹胀等，可能为胃肠功能紊乱所导致的消化不良。