1984 年国外学者在其研究中发现多数克罗恩病患者吸烟，他们报道吸烟是克罗恩病发病的一个重要的危险因素，吸烟者摧患克罗恩病的几率是不吸烟者的2 - 5 倍，既往有吸烟史者亦有患病的危险，现在正在吸烟者危险极大。值得注意的是，吸烟增加克罗恩病发病率的关系并不存在于所有种族或地理区域的人群，通过对以色列人群的研究发现吸烟和克罗恩病的发病缺少必然联系。Holdstock 等人早在1984 年将吸烟的结肠型克罗恩病患者和不吸烟患者比较，发现前者容易反复，疼痛也比后者剧烈，而小肠型的吸烟患者与不吸烟者相比，住院治疗和手术治疗的几率都要高。

吸烟可以影响克罗恩病的临床病程。吸烟者患克罗恩病回肠受累比结肠或回结肠受累更容易，吸烟者患克罗恩病后易发生肠痊或狭窄性疾病。吸烟克罗恩病患者早期行手术治疗的几率较不吸烟患者高，有作者发现未接受免疫治疗、疾病诊断之前就吸烟的患者，需要早期手术治疗的危险度增加。可能是因为吸烟缩短了克罗恩病从炎症性病变进展为肠痊、肠梗阻的时间，无法通过保守治疗控制病情，诊断成立后开始吸烟的患者同样存在高危险度的早期手术治疗机会。手术后继续吸烟，会增加经常性心动过速的危险。因此劝服吸烟克罗恩病患者戒烟，有助于降低早期手术治疗的几率。在加拿大的一项研究中，吸烟妇女因克罗恩病需手术的是不吸烟者的4 倍多，并且呈剂量反应关系。吸烟者患罗恩病病人更需要免疚抑制剂，女性吸烟更容易产生与健康有关的不良生活质量。有研究报道，相对于继续吸烟者，戒烬的克罗恩病病人，病情加重者少，控制症状需要较少鱿糖皮质激素或免疫抑制。