肛裂的临床症状表现为疼痛和出血。其痛很有特点，即先于排便时突发刀割样疼痛(由于粪便划破肛管皮肤所致)，然后短暂缓解，继而出现长时间肛痛(由于肛门括约肌受刺激后产生痉挛所致)。临床常见患者因怕痛畏惧排便，出现“怕痛——忍便——便干——更痛”的恶性循环现象。肛裂引起的出血也因撕裂血管的程度或多或少，常见因肛裂或大量出血而至贫血的病例。

肛裂早期如果得不到及时治疗，会出现肛管溃疡(裂口纤维化，又称陈旧性肛裂)、肛乳头肥大(息肉样瘤)、哨兵痔(皮赘增生)等三种病症，继续发展还可出现肛窦炎(肛门慢性炎症)和肛瘘(肛门化脓性炎症)，与前三症合称“肛裂五特征”。也有因慢性炎性刺激成肛管病变的可能。

典型症状是疼痛、便秘、出血。排便时干硬粪便直接挤擦溃疡面和撑开裂口，造成剧烈疼痛，粪便排出后疼痛短暂缓解，经数分钟后由于括约肌反射性痉挛，引起较长时间的强烈疼痛，有的需用止痛剂方可缓解。因此肛裂患者恐惧排便，使便秘更加重，形成恶性循环。创面裂开可有少量出血，在粪便表面或便后滴血。检查时用双手拇指轻轻分开肛门口，即见溃疡面，新发生的肛裂边缘整齐、软、溃疡底浅，无疤痕组织，色红、易出血。慢性肛裂深而硬，灰白色，不易出血。裂口下方为“前哨痔”。肛指和肛镜检查会引起病人剧烈疼痛，不宜进行。