肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道，内口多位于齿线附近，外口位于肛周、皮肤处。整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，经久不愈。发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。

肛瘘的病理表现有外口、瘘管、支管、内口组成。

1、外口：是肛门周围脓肿破溃或切开的口，在肛门周围的皮肤上，多数距肌门约2～3cm。其距肛门远近不定，数目不一，可凹陷，也可突起；可伴有肉芽组织，红紫色，潜行性边缘，形状整齐，且外口较大者多为结核性瘘管。

2、瘘管：连接内口与外口的管道，形状各异，可有一个，也可有多个分支。

3、支管：主瘘管引流不畅，或反复感染，均可发生很多支管。探清支管对手术效果极为重要。

4、内口：是肛门感染形成肛门周围脓肿的入口，多数在肛窦附近，80%在肛管后正中线两侧的肛窦发生。由坐骨直肠窝和肛门部来的血管，在肛管后方正中线两侧进入直肠，感染常沿血管周围蔓延，因此，内口多在肛管后部中线两侧。

关于肛瘘的分类又可以分为多种，具体如下：

区别肛瘘是单纯性还是复杂性，主要是依据瘘管的多少或长短及是否弯曲而定。前面提到肛瘘瘘管开始为一个，随着病情的发展，可以有多个，我们对只有一个瘘管的肛瘘称单纯性肛瘘，临床是依据其只有一个外口判定；对有两个以上瘘管，临床依据其有两个以上外口，或瘘管较长并弯曲的肛瘘，我们称其为复杂性肛瘘，如通常说的马蹄或半马蹄型肛瘘即是这种类型。区分肛瘘是单纯性还是复杂性的意义是二者在治疗上存在很大差别。

肛瘘有深有浅，深的我们叫高位肛瘘，浅的我们叫低位肛瘘，那么临床是依据什么来判定是高位或低位呢？主要是依据瘘管是否穿过肛提肌，肛提肌是封闭骨盆底的一组肌肉，距离肛门缘4cm，围绕在肛管和直肠交界的外围一周，穿过肛提肌就叫高位肛瘘，未穿过肛提肌就是低位肛瘘。