目前治疗尖锐湿疣主要是以外治为主，内治为辅。外治的方法很多，有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术治疗等。它们各有其适应证，其治好率在50％～80％之间。药物治疗方便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物有灼伤黏膜的可能。激光治疗、冷冻治疗、微波治疗需要术者有高超的技艺，有效地破坏病变组织。
(1)冷冻方法是一种皮肤科常用的治疗方法，它是以液氮或二氧化碳干冰冷冻皮肤病损，使皮肤损害局部水肿、坏死，以达到治疗的目的。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤黏膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的极大好处是局部有效迹，治好率约70％左右。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。
(2)激光治疗 是皮肤性病科常用的治疗尖锐湿疣的方法。它的特点是好得快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次期可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的缘故激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大．激光治疗很容易反复。
(3)微波治疗 是进入90年代后兴起的治疗方法．它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发．坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏有效，不易反复，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
(4)电烧灼是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，好得快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较有效，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的方法要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。
(5)手术治疗 尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易反复，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止反复，术后配合其他治疗。