慢性直肠炎其病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，亦可为过敏、变态反应等原因所致。急性直肠炎治疗不有效亦可转为慢性直肠炎，临床所见两类慢性直肠炎有不同的表现。

1、慢性肥大性直肠炎  慢性炎症引起直肠粘膜及粘膜下层肥厚，表面肿胀、潮湿，有大量粘液性或脓性渗出物。临床主要是经常腹泻，粪便稀软，内有粘液及血丝，有时便秘，或腹泻与便秘交替，大便时肛门部疼痛、伴骶尾部酸痛、肛门瘙痒。腹内胀气，身体消瘦，呈慢性病容。直肠指诊粘膜弹性减弱，有颗粒状突起，或有瘢痕狭窄。直肠镜见粘膜水肿、肥厚、表面不光滑、糜烂、溃疡、有脓性分泌物等。

治疗上仍需注意饮食，食物选择与急性直肠炎相同，吃富有营养、少渣且无刺激的食物。全身应用抗菌药物控制感染。中医以清热解毒、润肠通便为治则，可用清热解毒汤。体虚无力可温肾健脾、补气养血，可用人参养荣丸、补中益气汤加减。

2、慢性萎缩性直肠炎  直肠粘膜变薄、干硬、无弹性、容易成裂口，常有小块上皮坏死。临床有便秘，有时间歇性腹泻、直肠发胀不适，排粪时加重。粪便带粘液及血，肠粘膜有溃疡时分泌物增多，刺激肛门部发痒。直肠镜见粘膜干燥、表面不平、无弹性，有散在性的粘膜小溃疡及糜烂。如溃疡增多，可互相融合，易成脓肿。较大溃疡或脓肿愈合可形成瘢痕，导致直肠狭窄。

饮食及治疗与急性直肠炎相同，肛门直肠内用消炎止痛膏，有抗炎、止痛及保护创面的作用，保持大便通畅。